První zmínku o kostelu zaznamenáváme roku 1178, kdy stavba ještě nepatřila do vlastní Prahy, ale byla součástí osady Újezd. Právě daného roku věnoval tuto osadu kníže Soběslav vyšehradské kapitule a kostel tehdy již prokazatelně stál.

Svého přízviska „ve zdi“ se kostel dočkal ve 13. století, kdy ve slabě osídlené oblasti Újezdu vzniklo nové město, v písemných pramenech uváděné jako Havelské město nebo Nové město okolo sv. Havla, neboť v okolí tohoto kostela vyrůstalo. Havelské město se kolem roku 1249–1253 spojilo s původním Starým Městem a při této příležitosti nechal král Václav I. opevnit a rozšířit staroměstské hradby. Tím došlo k rozdělení osady zdí a příkopem na dvě nesouměrně velké části, ta větší zůstala za hradbami města a později se připojila k Novému Městu. Kostel sv. Martina zůstal vně a hradební zeď přiléhala k jeho jižní stěně, proto pojmenování ve zdi.

Hvězdnou hodinu své slávy ale sv. Martin ve zdi zažil ve století patnáctém, na úsvitu husitské éry. Farář Jan z Hradce tu totiž v roce 1414 jako první v Praze (a Českých zemích) podával při kázání nejsvětější svátost oltářní tak zvaně pod obojí způsobou. Věřícím byl tedy tehdy podán chléb i víno neboli tělo i krev páně, přesně tak, jak to vyžadovali husitští kazatelé, které si možná ještě pamatujete z hodin dějepisu: Matěj z Janova a Jakoubek ze Stříbra, a jak to do té dobé přísně zakazovali církevní hodnostáři. V katolíky ovládané Praze to byl bezpochyby odvážný výkon hodný obdivu, zvlášť u vědomí toho, co se stalo Janu Husovi o rok později v Kostnici.

Akt Jana z Hradce byl dost možná hlavním důvodem, proč kostel přečkal bez úhony i husitské války a řádění husitských obrazoborců. Žádný z reformovaných se neodvážil vztáhnout ruku na stánek páně, v němž se poprvé přijímalo pod obojí, tedy po husitsku. Kostel byl ostatně husitský, resp. evangelický až do Bílé hory. Po vítězství katolické strany tu byl roku 1622 symbolicky „odvolán“ kalich a kostel začal sloužit katolíkům, jako jedinému povolenému náboženství.

Za zmínku stojí i hřbitov, který u kostela stával a byl hojně využíván především při morových epidemiích. Leželo na něm mnoho slavných nebožtíků a roku 1731 tu byl vedle svého otce Jana a bratra Michala Jana pohřben také významný barokní sochař Ferdinand Maxmilián Brokoff, jeden z tvůrců pražského, potažmo českého baroka. Byla to ovšem labutí píseň kostela, který byl zrušen císařem Josefem II., resp. jeho reformami v roce 1784.

Kostel je ale dodnes vzácně zachovanou památkou románské a gotické architektury a vy si jeho krásy můžete vychutnávat, zatímco se necháte unášet na vlnách hudby. Hrr na to!